小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。 为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染殆尽，在她的眼中，小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。

绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的传说神奇宝贝-炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，并充当他的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧识，因为担心小美而赶来，在这碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂时催眠，强行带走。得知整件事情的经过后，小智等人于是并决定前往结晶塔，救出小智的妈妈，并让小美脱离那里......

《精灵宝可梦》动画改编自同名游戏，讲述了立志成为宝可梦大师的小智和皮卡丘结伴旅行的故事。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。《精灵宝可梦 无印》共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三个部分，因本作品无副标题，故又称为"无印"篇。

精灵宝可梦，简称宝可梦。 这个星球上有许多不可思议的不可思议生物。 空中、海中、森林中、街道中，你可以在这个世界的任何地方看到它们。 小智和皮卡丘继续着他们的冒险， 追寻着成为“宝可梦大师”的梦想。 与沿途的野生宝可梦相遇── 以及试图夺取皮卡丘的火箭队── 小智与皮卡丘在这样不变的冒险中过着每一日， 在某个森林中， 他们遇见了受伤的传说宝可梦·拉帝亚斯…！

《幻影神奇宝贝的主谋》，首次在2006年4月29日在Kids'WB电视台上映，此后又于2006年10月31日在东京电视台播放。该片为庆祝神奇宝贝10周年所做，由美国WB(warner brother) 华纳兄弟电影公司制作发行，目前有英语和日语两个版本。

立志成为神奇宝贝大师的小智一行人依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写著：‘你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。’“最强的宝可梦训练家？”好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。 一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，而另外两位训练家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇宝贝渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了真面目。什么？竟然是火箭队那三个捣蛋鬼！！正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，才不至于被大浪卷走。 在到达新岛之后，一名很像宝可梦中心护士乔伊的女子带领小智一行人前往神奇宝贝城……

当满月升起之时，优雅美丽的神奇宝贝麦萝爱塔（中岛爱 配音）的演奏会即将开始。伴随着她优雅的舞姿和沁人心脾的歌声，皮卡丘（大谷育江 配音）、妙蛙种子（林原めぐみ 配音）、杰尼龟（爱河里花子 配音）、可达鸭等宝贝兀自陶醉。突然，猛烈的沙尘暴袭来，竟然将麦萝爱塔卷走了。神奇宝贝们能否救回麦萝爱塔重开演奏会呢？

校队篮球运动员马特（Brian Lloyd 饰）等人经历了一场暴力的校际篮球比赛，对方粗野的主场把马特与队友乔伊、布莱恩送进了当地医院。乔伊小妹切丽暗恋马特，无奈马特的拉拉队长女友不给机会。另一方面，这所医院收治的一名女性病人被外星生物寄生，寄生生物通过控制宿主陆续感染控制了护士、医生以及病人。女性感染后被充作寄生生物的诱饵，而男性则化为无自我意识的养料。